Các trận đấu trong Knights in the Nightmare diễn ra trong môi trường thời gian thực trên một khu vực mạng lưới ô vuông. Người chơi điều khiển wisp bằng Stylus thông qua một màn hình cảm ứng (đối với phiên bản DS) hoặc Analog (đối với phiên bản PSP), di chuyển và ra lệnh cho các kỵ sĩ tấn công địch thủ. Khi Wisp tiếp xúc với một nhân vật có thể hành động, người chơi có thể thực hiện đòn tấn công và điều chỉnh hướng ra đòn bằng cách di chuyển Wisp. Tuy nhiên, Wisp có thể bị ảnh hưởng bởi Bullet Hell, cùng với việc ra lệnh cho các kỵ sĩ, người chơi phải điều chỉnh Wisp né tránh các phát đạn từ đối phương. Các đòn tấn công thông thường cho phép sản sinh ra Gems có tác dụng phục hồi thanh Magic Point; items được sử dụng để thực hiện các Skill Attacks gây sát thương lên đối thủ và phá hủy vật thể.

Mỗi trận đấu sẽ diễn ra trong 1 khoảng thời gian nhất định, tuy nhiên thông số này chỉ giảm xuống khi các kỵ sĩ thực hiện các hành động và khi Wisp chịu ảnh hưởng bởi các đòn tấn công từ đối thủ. Do vậy, người chơi sẽ không bị giới hạn về thời gian dự tính các chiến thuật và yếu tố này tạo nên sự tương đồng đối với các game thuộc thể loại strategy role-playing game khác.

Để hoàn thành một màn đấu, người chơi phải hoàn thành số lượng Kill-line cần thiết trong bảng Enemy Matrix. Trong bảng này, mỗi quái vật tương ứng với một ô vuông. Khi tất cả quái vật trong cùng 1 hàng ngang, hàng dọc hoặc chéo bị tiêu diệt, 1 Kill line được hoàn thành. Người chơi có thể tùy ý lựa chọn quái vật thích hợp sau mỗi lượt đấu thông qua một hệ thống tương tự roulete.